A Secretaria do Ministério Público de Contas é órgão auxiliar da atividade funcional do Ministério Público de Contas, subordinada ao Procurador-Geral, e tem por finalidade prestar suporte administrativo para o desempenho das atribuições constitucionais e legais do órgão. É composta pela Diretoria, pela Coordenadoria de Apoio Operacional e pela Coordenadoria de Acompanhamento das Ações do Ministério Público de Contas.